Jeanne föddes 1528 som barn till Navarras kungapar Henri II och Marguerite d’Angouleme (som får sin egen historia refererad i del 13) och alltså systerdotter till den franske kungen François I. Den större delen av Navarra stod under denna tid under spansk ockupation. Jeanne kom därför, enligt François önskan, att växa upp vid det franska hovet.
Som så många andra högättade unga flickor genom historien, utgjorde Jeanne ett viktigt diplomatiskt kapital i form av äktenskapsobjekt. Den tysk-romerske kejsaren Karl V ville få henne gift med sin son, den blivande Filip II av Spanien. Ett cyniskt sätt att få ett naturligt avslut på konflikten mellan Spanien och Navarra. De planerna gick i stöpet då François 1532 förklarade att Jeanne, i sinom tid (hon var nu bara fyra år), istället skulle gifte sig med sin kusin, den blivande Henri II av Frankrike. Henri gifte sig dock med Katarina av Medici året efter, så nu var Jeanne åter tillgänglig för diplomatiska krumbukter. När hon var tolv år vigdes hon med Wilhelm av Kleve. Kleve var en viktig bundsförvant i François konflikter med den tysk-romerske kejsaren. Jeanne motsatte sig giftermålet med full kraft och fick handgripligen bäras till altaret. Några senare, innan äktenskapet ännu hade fullbordats, blev Kleve och kejsaren kompisar. Eftersom äktenskapet ej var fullbordat, och eftersom Jeanne hade varit så klok att hon i hemlighet, före vigseln, färdigställt ett bevittnat dokument i vilket hon förklarat att hon tvingats gifta sig, annullerade påven detta tarvliga äktenskap. Men det var inte slut här. Kejsaren gjorde ett nytt försök med Filip och François föreslog flera franska äkta män. Den viljestarka Jeanne hade dock bestämt sig för Antoine de Bourbon, och så blev det. Jeanne och Antoine gifte sig 1548. De fick fem barn, varav Henri och Catherine överlevde till vuxen ålder. Till saken hör att Antoine var näste arvinge i den franska tronföljden, skulle ätten Valois slockna ut.
Henri II av Navarra avlider 1555, Jeanne blir regerande drottning. Hon var en duglig regent som genomförde nödvändiga reformer och verkar ha lyssnat till sitt folk i det att hon lät den spirande reformationen av kyrkan fortgå i Navarra. I Frankrike hade François gått bort 1547. Sonen Henri II (det börjar bli rörigt nu, vi har Henri II av Frankrike, Henri II av Navarra och Jeannes son Henri) efterträdde honom på tronen. Förhållandet mellan hans hustru Katarina av Medici och Jeanne hade alltid varit ansträngt. Den nye kungen, bättre lämpad för idrottsliga än intellektuella aktiviteter, hade nu att hantera en pågående reformation. Henri och Katarina tog ingen tydlig ställning i konflikten, men kan väl inte sägas ha ansträngt sig för att stoppa förföljelsen av hugenotterna (de franska protestanterna). 1559 avled Henri II efter den olycksaliga torneringen i Les Tournelles. Den sjuklige efterträdaren François II (han som var gift med Marie Stuart) avled 1560. Antons plats i tronföljden skulle egentligen ha givit honom rollen som tillförordnad regent åt den minderårige Charles IX, vilket Katarina lyckades övertala honom att avstå till förmån för henne själv. Under tiden hade Jeanne glidit över mot protestantismen, 1560 konverterade hon officiellt till kalvinismen och genomförde därefter reformationen i Navarra. Spänningarna mellan fraktionerna tilltog och 1562 utbröt hugenottkrigen, en serie mycket brutala blodiga krig mellan katoliker och protestanter som kom att skaka Frankrike under mer än två decennier.
Antoine anslöt sig till den katolska sidan medan Jeanne var sin nya lära trogen. Antoine gick ur tiden i november 1562, Jeanne var nu ensam regent. Hon höll Navarra utanför de första krigen, men tog alltefter en mer aktiv roll och kom att bli hugenotternas politiska ledare i hela Frankrike. 1570 slöts en, som det visade sig, tillfällig fred. I fördraget ingick ett äktenskap mellan Jeannes son Henri och Katarinas dotter Marguerite de Valois. 1572 flyttade Jeanne tillfälligt till Paris för att förbereda bröllopet. När hon helt oväntat avled i staden, var en allmänt spridd misstanke att hon hade blivit förgiftad av Katarina. Obduktionen fastställde en naturlig död, men seriöst, hur utvecklad var egentligen rättsmedicinen 1572?
Hennes son Henri blev nu kung av Navarra, Henri III (fortsatt förvirring, dessutom efterträddes Charles IX av sin bror Henri III av Frankrike). Bröllopet hölls i augusti 1572 och följdes av Bartolomeinatten då 3000 hugenotter slaktades innanför stadsmurarna. Krigen fortsatte och slutade först då Henri III av Navarra blev fransk kung som Henri IV.